Construction of Brn2 Protein in Complex with MORE DNA Through In Silico Methods
Referências
1. World Health Organization (WHO), 2015. Skin Cancers. Retrieved from http://www.who.int/uv/faq/skincancer/en/.
2. C. Karimkhani, R. Gonzalez, R. P. Dellavalle, Am. J. Clin. Dermatol., 15, 323 (2014).
3. U. Leiter and C. Garbe, Adv. Exp. Med. Biol., 624, 89, (2008).
4. R. A. Sturm, B. J. O’Sullivan, J. A. Thomson, N. Jamshidi, J. Pedley, P. G. Parsons, Pigment Cell Res., 7, 235, (1994).
5. J. A. Thomson, K. Murphy, E. Baker, G. R. Sutherland, P. G. Parsons, R. A. Sturm, F. Thomson, Oncogene, 11, 691, (1995).
6. T. Eisen, D. J. Easty, D. C. Bennett, C. R. Goding, Oncogene, 11, 2157, (1995).
7. A. Flammiger, R. Besch, A. L. Cook, T. Maier, R. A. Sturm, C. Berking, J. Invest. Dermatol., 129, 945, (2009).
8. J. Goodall, C. Wellbrock, T. J. Dexter, K. Roberts, R. Marais, C. R. Goding, Mol. Cell Biol., 24, 2923, (2004).
9. A. K. Ryan and M. G. Rosenfeld, Genes Dev., 11, 1207, (1997).
10. R. Besch and C. Berking, Eur. J. Cell Biol., 93, 55, (2014).
11. J. Goodall, S. Martinozzi, T. J. Dexter, D. Champeval, S. Carreira, L. Larue, C. R. Goding, Mol. Cell Biol., 24, 2915, (2004).
12. E. Bonvin, P. Falletta, H. Shaw, V. Delmas, C. R. Goding, Mol. Cell Biol., 32, 4674, (2012).
13. L. Nieto, G. Joseph, A. Stella, P. Henri,
14. O. Burlet-Schiltz, B. Monsarrat, E. Clottes, M. Erard, J. Mol. Biol., 370, 687 (2007).
15. B. Cabos-Siguier, A. L. Steunou, G. Joseph, R. Alazard, M. Ducoux-Petit, L. Nieto, B. Monsarrat, M. Erard, E. Clottes. Protein Express. Purif., 64, 39, (2009).
16. A. L. Cook and R. A. Sturm, Pigment Cell Melanoma Res., 21, 611, (2008).
17. H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, P. E. Bourne, Nucl. Acids Res., 28, 235, (2000). Available in www.rcsb.org.
18. S. Millevoi, L. Thion, G. Joseph, C. Vossen, L. Ghisolfi-Nieto, M. Erard, Eur. J. Biochem., 268, 781 (2001).
19. K. D. Pruitt, G. R. Brown, S. M. Hiatt, F. Thibaud-Nissen, A. Astashyn, O. Ermolaeva, C. M. Farrell, J. Hart, M. J. Landrum, K. M. McGarvey, M. R. Murphy, N. A. O’Leary, S. Pujar, B. Rajput, S. H. Rangwala, L. D. Riddick, A. Shkeda, H. Sun, P. Tamez, R. E. Tully, C. Wallin, D. Webb, J. Weber, W. Wu, M. Dicuccio, P. Kitts, D. R. Maglott, T. D. Murphy, J. M. Ostell, Nucleic Acids Res., 42, 756, (2014).
20. C. L. Avery, C. M. Sitlani, D. E. Arking, D. K. Arnett, J. C. Bis, E. Boerwinkle, B. M. Buckley, Y. D. Ida Chen, A. J. de Craen, M. Eijgelsheim, D. Enquobahrie, D. S. Evans, I. Ford, M. E. Garcia, V. Gudnason, T. B. Harris, S. R. Heckbert, H. Hochner, A. Hofman, W. C. Hsueh, A. Isaacs, J. W. Jukema, P. Knekt, J. A. Kors, B. P. Krijthe, K. Kristiansson, M. Laaksonen, Y. Liu, X. Li, P. W. Macfarlane, C. Newton-Cheh, M. S. Nieminen, B. A. Oostra, G. M. Peloso, K. Porthan, K. Rice, F. F. Rivadeneira, J. I. Rotter, V. Salomaa, N. Sattar, D. S. Siscovick, P. E. Slagboom, A. V. Smith, N. Sotoodehnia, D. J. Stott, B. H. Stricker, T. Stürmer, S. Trompet, A. G. Uitterlinden, C. van Duijn, R. G. Westendorp,
J. C. Witteman, E. A. Whitsel, B. M. Psaty, Pharmacogenomics J., 14, 6, (2014).
21. L. A. Kelley, S. Mezulis, C. M. Yates, M. N. Wass, M. J. Sternberg, Nat. Protoc., 10, 845, (2015).
22. M. Biasini, S. Bienert, A. Waterhouse, K. Arnold, G. Studer, T. Schmidt, F. Kiefer, T. G. Cassarino, M. Bertoni, L. Bordoli, T. Schwede, Nucleic Acids Res., 42, 252, (2014).
23. R. A. Laskowski, M. W. MacArthur, D. S. Moss, J. M. Thornton, J. App. Cryst., 26, 283, (1993).
24. J. U. Bowie, R. Lüthy, D. Eisenberg, Science, 253, 164, (1991).
25. R. Lüthy, J. U. Bowie, D. Eisenberg, Nature, 356, 83, (1992).
26. F. Melo and E. Feytmans, J. Mol. Biol., 277, 1141, (1998).
27. J. C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, C. Chipot, R. D. Skeel, L. Kalé, K. Schulten, J. Comput. Chem., 26, 1781 (2005).
28. R. B. Best, X. Zhu, J. Shim, P. E. Lopes, J. Mittal, M. Feig, A. D. MacKerell Jr., J. Chem. Theory Comput., 8, 3257, (2012).
29. A. D. MacKerell Jr., M. Feig, C. L. III. Brooks, J. Am. Chem. Soc., 126, 698, (2004).
30. K. Hart, N. Foloppe, C. M. Baker, E. J. Denning, L. Nilsson, A. D. MacKerell Jr., J. Chem. Theory Comput., 8, 348, (2012).
31. A. D. MacKerell Jr. and N. K. Banavali, J. Comput. Chem., 21, 105, (2000).
32. M. W. Mahoney and W. L. Jorgensen, J. Chem. Phys., 112, 8910, (2000).
33. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. Klein, J. Chem. Phys., 79, 926, (1983).
34. T. Darden, D. York, L. Pedersen, J. Chem. Phys., 98, 10089, (1993).
35. L. Bordoli, F. Kiefer, K. Arnold, P. Benkert, J. Battey, T. Schwede, Nat. Protoc., 4, 1, (2009).
2. C. Karimkhani, R. Gonzalez, R. P. Dellavalle, Am. J. Clin. Dermatol., 15, 323 (2014).
3. U. Leiter and C. Garbe, Adv. Exp. Med. Biol., 624, 89, (2008).
4. R. A. Sturm, B. J. O’Sullivan, J. A. Thomson, N. Jamshidi, J. Pedley, P. G. Parsons, Pigment Cell Res., 7, 235, (1994).
5. J. A. Thomson, K. Murphy, E. Baker, G. R. Sutherland, P. G. Parsons, R. A. Sturm, F. Thomson, Oncogene, 11, 691, (1995).
6. T. Eisen, D. J. Easty, D. C. Bennett, C. R. Goding, Oncogene, 11, 2157, (1995).
7. A. Flammiger, R. Besch, A. L. Cook, T. Maier, R. A. Sturm, C. Berking, J. Invest. Dermatol., 129, 945, (2009).
8. J. Goodall, C. Wellbrock, T. J. Dexter, K. Roberts, R. Marais, C. R. Goding, Mol. Cell Biol., 24, 2923, (2004).
9. A. K. Ryan and M. G. Rosenfeld, Genes Dev., 11, 1207, (1997).
10. R. Besch and C. Berking, Eur. J. Cell Biol., 93, 55, (2014).
11. J. Goodall, S. Martinozzi, T. J. Dexter, D. Champeval, S. Carreira, L. Larue, C. R. Goding, Mol. Cell Biol., 24, 2915, (2004).
12. E. Bonvin, P. Falletta, H. Shaw, V. Delmas, C. R. Goding, Mol. Cell Biol., 32, 4674, (2012).
13. L. Nieto, G. Joseph, A. Stella, P. Henri,
14. O. Burlet-Schiltz, B. Monsarrat, E. Clottes, M. Erard, J. Mol. Biol., 370, 687 (2007).
15. B. Cabos-Siguier, A. L. Steunou, G. Joseph, R. Alazard, M. Ducoux-Petit, L. Nieto, B. Monsarrat, M. Erard, E. Clottes. Protein Express. Purif., 64, 39, (2009).
16. A. L. Cook and R. A. Sturm, Pigment Cell Melanoma Res., 21, 611, (2008).
17. H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, P. E. Bourne, Nucl. Acids Res., 28, 235, (2000). Available in www.rcsb.org.
18. S. Millevoi, L. Thion, G. Joseph, C. Vossen, L. Ghisolfi-Nieto, M. Erard, Eur. J. Biochem., 268, 781 (2001).
19. K. D. Pruitt, G. R. Brown, S. M. Hiatt, F. Thibaud-Nissen, A. Astashyn, O. Ermolaeva, C. M. Farrell, J. Hart, M. J. Landrum, K. M. McGarvey, M. R. Murphy, N. A. O’Leary, S. Pujar, B. Rajput, S. H. Rangwala, L. D. Riddick, A. Shkeda, H. Sun, P. Tamez, R. E. Tully, C. Wallin, D. Webb, J. Weber, W. Wu, M. Dicuccio, P. Kitts, D. R. Maglott, T. D. Murphy, J. M. Ostell, Nucleic Acids Res., 42, 756, (2014).
20. C. L. Avery, C. M. Sitlani, D. E. Arking, D. K. Arnett, J. C. Bis, E. Boerwinkle, B. M. Buckley, Y. D. Ida Chen, A. J. de Craen, M. Eijgelsheim, D. Enquobahrie, D. S. Evans, I. Ford, M. E. Garcia, V. Gudnason, T. B. Harris, S. R. Heckbert, H. Hochner, A. Hofman, W. C. Hsueh, A. Isaacs, J. W. Jukema, P. Knekt, J. A. Kors, B. P. Krijthe, K. Kristiansson, M. Laaksonen, Y. Liu, X. Li, P. W. Macfarlane, C. Newton-Cheh, M. S. Nieminen, B. A. Oostra, G. M. Peloso, K. Porthan, K. Rice, F. F. Rivadeneira, J. I. Rotter, V. Salomaa, N. Sattar, D. S. Siscovick, P. E. Slagboom, A. V. Smith, N. Sotoodehnia, D. J. Stott, B. H. Stricker, T. Stürmer, S. Trompet, A. G. Uitterlinden, C. van Duijn, R. G. Westendorp,
J. C. Witteman, E. A. Whitsel, B. M. Psaty, Pharmacogenomics J., 14, 6, (2014).
21. L. A. Kelley, S. Mezulis, C. M. Yates, M. N. Wass, M. J. Sternberg, Nat. Protoc., 10, 845, (2015).
22. M. Biasini, S. Bienert, A. Waterhouse, K. Arnold, G. Studer, T. Schmidt, F. Kiefer, T. G. Cassarino, M. Bertoni, L. Bordoli, T. Schwede, Nucleic Acids Res., 42, 252, (2014).
23. R. A. Laskowski, M. W. MacArthur, D. S. Moss, J. M. Thornton, J. App. Cryst., 26, 283, (1993).
24. J. U. Bowie, R. Lüthy, D. Eisenberg, Science, 253, 164, (1991).
25. R. Lüthy, J. U. Bowie, D. Eisenberg, Nature, 356, 83, (1992).
26. F. Melo and E. Feytmans, J. Mol. Biol., 277, 1141, (1998).
27. J. C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, C. Chipot, R. D. Skeel, L. Kalé, K. Schulten, J. Comput. Chem., 26, 1781 (2005).
28. R. B. Best, X. Zhu, J. Shim, P. E. Lopes, J. Mittal, M. Feig, A. D. MacKerell Jr., J. Chem. Theory Comput., 8, 3257, (2012).
29. A. D. MacKerell Jr., M. Feig, C. L. III. Brooks, J. Am. Chem. Soc., 126, 698, (2004).
30. K. Hart, N. Foloppe, C. M. Baker, E. J. Denning, L. Nilsson, A. D. MacKerell Jr., J. Chem. Theory Comput., 8, 348, (2012).
31. A. D. MacKerell Jr. and N. K. Banavali, J. Comput. Chem., 21, 105, (2000).
32. M. W. Mahoney and W. L. Jorgensen, J. Chem. Phys., 112, 8910, (2000).
33. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. Klein, J. Chem. Phys., 79, 926, (1983).
34. T. Darden, D. York, L. Pedersen, J. Chem. Phys., 98, 10089, (1993).
35. L. Bordoli, F. Kiefer, K. Arnold, P. Benkert, J. Battey, T. Schwede, Nat. Protoc., 4, 1, (2009).
Publicado
2015-07-01
Como Citar
Coelho, I. E. V., Arruda, D. C., & Taranto, A. G. (2015). Construction of Brn2 Protein in Complex with MORE DNA Through In Silico Methods. Revista Processos Químicos, 9(18), 128-132. https://doi.org/10.19142/rpq.v9i18.277
Seção
Artigos Gerais
Copyright (c) 2005 Revista Processos Químicos
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
